Удалить вручную ненужные карты можно с помощью SKUCreator, но для начала можно попробовать автоматически удалить ненужные файлы рельефа (dem), в большинстве случаев этого достаточно:
BaseEurasiaDemOnly.zip (устанавливается точно также как карты).
Удаляет все заводские файлы .dem и .dem с именами файлов, которые наиболее часто встречаются в интернете и устанавливает базовый dem всей Евразии, обычно его вполне достаточно, особенно для не очень гористой местности.
Полное описание, в том числе перечень удаляемых файлов, тут: BaseEurasiaDemOnly.pdf